На доме, где с 1906 по 1942 жил Ухтомский (16-я линия Васильевского острова, дом 29), установлена мемориальная доска.
20 сентября 1990 года в Рыбинске, в доме на бывшей Выгонной улице, где прошли детские и отроческие годы учёного, был открыт Мемориальный Дом-музей академика А.А. Ухтомского
